W zasięgu działania Nadleśnictwa Żołędowo oraz na gruntach przez nie zarządzanych istnieją 4 obszary Natura 2000. Ich ogólną charakterystykę podano na podstawie danych zawartych w dokumentacji obszarów (SDF) zamieszczonej na stronie internetowej http://natura2000.gdos.gov.pl.

· Obszary Ptasie

PLB040003 – Dolina Dolnej Wisły

Obszar ustanowiony Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (z późn. zmianami), zajmuje obszar 33 559 ha. Obejmuje dolinę Wisły w jej dolnym biegu, od Włocławka do Przegaliny, zachowującą naturalny charakter i dynamikę rzeki swobodnie płynącej. Rzeka płynie w dużym stopniu naturalnym korytem, z namuliskami, łachami piaszczystymi i wysepkami, w dolinie zachowane są starorzecza i niewielkie torfowiska niskie. Brzegi doliny pokryte są mozaiką zarośli wierzbowych i lasów łęgowych, a także pól uprawnych i pastwisk. Miejscami dolinę Wisły ograniczają wysokie skarpy, na których utrzymują się murawy kserotermiczne i grądy zboczowe. Wisła przepływa w granicach obszaru przez kilka dużych miast, jak: Toruń, Bydgoszcz, Grudziądz, Tczew.

Na obszarze występują co najmniej 44 gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 4 gatunki z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK). Stale gniazduje ok. 180 gatunków ptaków. Obszar jest bardzo ważną ostoją dla ptaków migrujących i zimujących, stanowi bardzo ważny teren zimowiskowy bielika. W okresie lęgowym jest zasiedlany przez co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: nurogęś, ohar, rybitwa białoczelna, rybitwa rzeczna, zimorodek, ostrygojad. W stosunkowo wysokim zagęszczeniu występuje derkacz, mewa czarnogłowa i sieweczka rzeczna. W okresie wędrówek ptaki wodno-błotne występują w koncentracjach do 50 000 osobników.

Dolinę Dolnej Wisły charakteryzuje bogata fauna innych zwierząt kręgowych, bogata flora roślin naczyniowych (ok. 1350 gatunków) z licznymi gatunkami zagrożonymi i prawnie chronionymi, silne zróżnicowanie zbiorowisk roślinnych, w tym zachowane różne typy łęgów, a także cenne murawy kserotermiczne.

Do głównych zagrożeń dla obszaru można zaliczyć niszczenie morfologicznej różnorodności międzywala, zanieczyszczenie wód (przemysłowe i komunalne), zabudowa brzegów, zalesianie muraw, spontaniczna sukcesja roślinności wskutek zaprzestania lub zmniejszenia intensywności wypasu zwierząt w międzywalu, zamiana użytków zielonych na pola orne w międzywalu.

Obszar położony jest wzdłuż wschodniej granicy zasięgu terytorialnego Nadleśnictwa i nie obejmuje gruntów przez nie zarządzanych.

PLB300001 – Dolina Środkowej Noteci i Kanału Bydgoskiego

Obszar ustanowiony Rozporządzeniem Ministra Środowiska z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie obszarów specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (z późn. zmianami), zajmuje obszar 32672,1 ha. Obejmuje pradolinę rzeczną o zmiennej szerokości od 2 do 8 km, która ma tu przebieg równoleżnikowy. Od północy obszar graniczy z wysoczyzną Pojezierza Krajeńskiego – maksymalne deniwelacje pomiędzy dnem doliny a skrajem wysoczyzny dochodzą tu do 140 m. Od południa pradolina jest ograniczona piaszczystym Tarasem Szamocińskim, zajętym w znacznej mierze przez lasy, stykającym się z krawędzią Pojezierza Chodzieskiego. Znaczne części pradoliny zostały zmeliorowane i prowadzona jest na nich gospodarka łąkowa. W kilku miejscach pradoliny założono stawy rybne, na których prowadzona jest intensywna hodowla ryb – stawy Antoniny, Smogulec, Ostrówek, Występ i Ślesin. Zachodnia część pradoliny, objęta przez obszar, jest obecnie doliną Noteci. Część wschodnia jest doliną żeglownego Kanału Bydgoskiego, wybudowanego w końcu XVIII w., łączącego dorzecza Odry i Wisły.

Na obszarze występuje co najmniej 18 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 8 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK). W okresie lęgowym obszar zasiedla około 10% populacji krajowej podróżniczka i co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: bielika i kani czarnej, w stosunkowo wysokiej liczebności występują kania ruda i błotniak stawowy. W okresie wędrówek występuje co najmniej 1% populacji szlaku wędrówkowego łabędzia czarnodziobego, stosunkowo duże koncentracje osiąga siewka złota. Ważnymi ostojami ptactwa na terenie obszaru są stawy w Ostrówku, Smogulcu, Ślesinie i Występie.

Zagrożeniem dla obszaru są zmiany reżimu hydrologicznego, zaniechanie pastersko-łąkarskiego użytkowania terenów zajętych przez użytki zielone. Na stawach rybnych niekorzystne jest zarówno zaniechanie, jak i intensyfikacja gospodarki stawowej.

Obszar położony jest w południowo-zachodniej części Nadleśnictwa, obejmuje kilka pododdziałów położonych w pradolinie Noteci: 471 a-c oraz 474 j.

· Obszar Siedliskowy

PLH040003 – Solecka Dolina Wisły

Obszar ustanowiony Decyzją Komisji z dnia 12 grudnia 2008 r. przyjmująca na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG drugi zaktualizowany wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny. Zajmuje powierzchnię 7 030,1 ha.

Obszar obejmuje fragment Doliny Dolnej Wisły o długości 49 km położony pomiędzy Solcem Kujawskim (762 km szlaku wodnego) a Świeciem (811 km szlaku wodnego). Stanowi terasę zalewową, której granicę częściowo wyznacza wał przeciwpowodziowy, a częściowo skarpa Doliny Wisły. Cały omawiany teren położony jest w zasięgu ostatniego zlodowacenia i uformowany został około 11 tysięcy lat temu. Procesy geomorfologiczne kształtujące współcześnie ten obszar to: akumulacja fluwialno-powodziowa, a także denudacja – szczególnie erozja boczna brzegów Wisły oraz krawędzi jej doliny. Przy średnim i niskim stanie wód z koryta rzeki wynurzają się okresowo piaszczysto-muliste ławice, które porasta efemeryczna roślinność (Bidentetea tripartiti, Isoëto Nanojuncetea). Nieco wyniesione i okresowo zalewane są tereny nadbrzeżne z dawnymi wyspami (kępami), połączonymi już ze stałym lądem przez groble wybudowane w XIX wieku i zasypane osadami. Stają się one wyspami podczas wezbrań. Występują tu także ciągi starorzeczy, w nich i spokojnych odcinkach rzeki rozwija się roślinność wodna, a na ich brzegach szuwary. Na niektórych odcinkach rzeki znajdują się obwałowania usypane w XIX wieku. Obecnie znaczna część terenów nadrzecznych pokryta jest mozaiką ziołorośli i traworośli z rosnącymi pojedynczo i pasowo krzewami i drzewami (w tym pomnikowymi Populus nigra). Typowo wykształcone zarośla wierzbowe (Salicetum triandro-viminalis) są częste, a nawet zajmują część dawnych siedlisk łęgów wierzbowych i topolowych występujących najliczniej na Małej Kępie Ostromęckiej. Tworzą one mozaikę z zaroślami i ziołoroślami. W dolnych partiach zboczy nie oddzielonych wałami od koryta Wisły, szczególnie między Kamieńcem a Czarżem i poniżej Fordonu zachowały się fragmenty wielogatunkowych łęgów (Ficario-Ulmetum minoris, Alno-Ulmion). Częściej występują tu grądy kontynentalne o charakterze zboczowym. Na terenach zalewanych częste są łąki i pastwiska. Wały przeciwpowodziowe i przydroża porośnięte są przez zbiorowiska trawiaste. Zasobniejsze, rzadziej zalewane tereny zostały stosunkowo niedawno zamienione w pola uprawne. Murawy kserotermiczne na południowych piaszczystych zboczach koło Kamieńca i bliskich im ciepłolubnych okrajków (Geranion sanguinei, Origanetalia) między Jarużynem a Kozielcem uległa silnemu zmniejszeniu w związku z zarastaniem przez krzewy. Miejscami występują fragmenty borów mieszanych i sosnowych z płatami muraw piaskowych. Przeważają drzewostany sosnowe oraz pochodzące z nasadzeń drzewostany świerkowe. Łęgi olszowo-jesionowe z fragmentami olsów występują na bardzo niewielkich powierzchniach na zatorfionych obrzeżach doliny i źródliskach.

Do głównych czynników zagrażającym walorom przyrodniczym tego terenu zaliczyć można: planowaną kaskadyzację dolnej Wisły grożącą radykalnymi i nieodwracalnymi zmianami całego ekosystemu omawianego odcinka rzeki, pogłębianie koryta Wisły i likwidowanie piaszczystych ławic w nurcie rzeki, pomniejszanie powierzchni lasów łęgowych, a szczególnie zmiana ich struktury (pomimo istnienia dogodnych dla nich warunków) polegająca na preferowaniu w nasadzeniach gatunków grądowych, szczególnie dębu szypułkowego, a nawet obcego dębu czerwonego, nielegalną wycinkę drzew dotyczącą nawet starodrzewia rosnącego przy starorzeczach, nasilające się w ostatnich latach procesy przekształcania użytków zielonych na grunty orne, nasilające się procesy urbanizacyjne, w szczególności: intensywna rozbudowa bydgoskich osiedli mieszkaniowych sąsiadujących z Doliną Wisły i intensywna zabudowa cennych przyrodniczo skarp stanowiących krawędź doliny rzeki, odcinanie wałami zbiorowisk roślinnych związanych z okresowym zalewaniem i wynurzaniem, intensywna gospodarka leśna (zalesianie, odnawianie) na terenach zajmowanych przez murawy kserotermiczne, odwadnianie, osuszanie i zasypywanie lasów bagiennych, łęgów olszowojesionowych, łąk trzęślicowych, turzycowisk i szuwarów.

Obszar położony jest wzdłuż wschodniej granicy zasięgu terytorialnego Nadleśnictwa gdzie pokrywa się z obszarem ptasim PLB040003 – Dolina Dolnej Wisły. Obszar leży poza gruntami zarządzanymi przez Nadleśnictwo.

· PLH300004 – Dolina Noteci

Obszar ustanowiony Decyzją Komisji z dnia 12 grudnia 2008 r. przyjmująca na mocy dyrektywy Rady 92/43/EWG drugi zaktualizowany wykaz terenów mających znaczenie dla Wspólnoty składających się na kontynentalny region biogeograficzny.

Obszar obejmuje fragment doliny Noteci między miejscowością Wieleń a Bydgoszczą. Obszar jest w dużej części zajęty przez torfowiska niskie, z fragmentami zalewowych łąk i trzcinowisk, z enklawami zakrzewień i zadrzewień. Na zboczach doliny znajdują się płaty muraw kserotermicznych. W okolicach Goraja, Pianówki i Góry oraz Ślesina występują kompleksy buczyn i dąbrów, w tym m. in. siedlisk przyrodniczych: ciepłolubnej dąbrowy i mieszanych lasów zboczowych. Teren przecinają kanały i rowy odwadniające. Liczne są starorzecza i wypełnione wodą doły potorfowe. Miejscami występują rozległe płaty łęgów. Łąki są intensywnie użytkowane.

Obszar obejmuje bogatą mozaikę siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG (15 rodzajów), z priorytetowymi lasami, łęgowymi i dobrze zachowanym kompleksami łąkowymi, choć łącznie zajmują one poniżej 20% powierzchni obszaru. Notowano tu też 8 gatunków z Załącznika II Dyrektywy Siedliskowej.

Zagrożeniem dla obszaru jest zarówno intensyfikacja użytkowania łąk, zwłaszcza ich nawożenie, jak również zarastanie ich w procesie sukcesji przez zarośla wierzbowe. Potencjalnym zagrożeniem dla środowiska jest osuszanie terenu, wycinka drzew i krzewów oraz eutrofizacja i zanieczyszczenie wód, m.in. napływ zanieczyszczonych wód z Gwdy.

Obszar zajmuje powierzchnię 50 531,99 ha. Na terenie Nadleśnictwa obejmuje oddziały: 468, 469, 470, 471, 472, 473, 474, 475, 476, 476A, 477, 478 oraz 478A, których łączna powierzchnia to nieco ponad 255 ha.